Knihovna Českého egyptologického ústavu – Knihovna Jaroslava Černého – byla založena v roce 1925. O její založení a dlouhodobé budování se, v rámci činnosti egyptologického semináře Filozofické fakulty UK, zasloužil především František Lexa. Tehdy byly získávány fondy z různých zdrojů, a je možné, že některé starší tisky získal právě v této době pro knihovnu F. Lexa sám.
Knihovnu významně zvětšil převod soukromé egyptologické knihovny Jaroslava Černého po jeho smrti v roce 1971. Tímto do fondu knihovny přešlo mnoho důležitých a již nedostupných publikací. Jaroslav Černý svou knihovnu vytvářel dlouhodobě a systematicky a získal díky svým rozsáhlým kontaktům s egyptologickými kruhy výměnou za své publikace či jako jinou protislužbu řadu cenných titulů včetně nejrůznějších separat. Do knihovny se v průběhu let dostaly i knihy z pozůstalostí dalších osobností spojených s českou egyptologií, například z knihovny Dr. Ludmily Matiegkové, Lexovy žačky.
Výměny – za vlastní publikace ústavu – zůstávaly významným zdrojem i v následujících dvou desetiletích. Nové možnosti přinesl zvětšující se objem vlastní produkce i dostupných fondů v posledních zhruba 15 letech a knihovna se rozrůstá tempem průměrně 300 až 350 svazků ročně. Kromě koupí nadále získáváme řadu titulů i výměnami a dary. O výměnu knih s partnery a distribuci publikací vydaných ústavem se stará PhDr. Jiřina Růžová .
Kromě toho, že knihovna shromažďuje nejnovější egyptologickou produkci a udržuje tak vysoký odborný standard, je také domovem vzácných tisků, starých cestopisů, dobových průvodců a obrazových publikací. Historické publikace z fondu ústavu dlouhodobě restauruje Ateliér Krupka z Úval, dva staré tisky restaurovala před několika lety dílna Národní knihovny ČR.
V současnosti knihovna shromažďuje kolem 9000 monografií, více než 5000 separátů a kolem 2500 svazků periodik. Knihovna nabízí přímou výměnu egyptologických monografií publikovaných Univerzitou Karlovou s dalšími knihovnami, institucemi a soukromými osobami. Knihovna svým rozsahem představuje jednu z nejrozsáhlejších egyptologických knihoven v Evropě a jedinou svého druhu v ČR.
…Prospěšnější je kniha než vytesaná stéla,
než pevná stěna hrobky.
Knihy zastupují chrámy i pyramidy …Chvála mudrců a knih, neznámý egyptský autor
Zájemce upozorňujeme, že knihovna provádí pouze prezenční zápůjčky (viz otevírací hodiny). Mimopražští uživatelé mohou po dohodě využít prezenčních služeb knihovny i v jiném termínu: kontaktujte Mgr. Ivanu Vlkovou nebo dr. Jiřinu Růžovou
Centrální katalog Univerzity Karlovy je dostupný na tomto linku. Je nutné upozornit, že některé publikace (a také periodika) dosud čekají na své zpracování v internetovém systému Aleph.
Dne 9. 12. 2016 vstoupil Opatřením děkana č. 25/2016 v platnost nový Výpůjční řád Knihovny Filozofické fakulty Univerzity Karlovy. Jeho plně znění najdete zde.